Uma vez preparados os plasmídeos, a tarefa é inseri-los em células bacterianas. Plasmídeos e células bacterianas são postos um em contato com o outro; no entanto, apenas algumas poucas bactérias conseguem "absorver" o plamídeo com o gene novo.
Alguns plasmídeos de bactérias carregam naturalmente genes que lhes conferem resistência a certo antibiótico. Veja na figura a seguir:
Os pesquisadores escolhem, para fazer DNA recombinante, plasmídeos que já tem o gene de resistência ao antibiótico (primeiro círculo). Em seguida, esses plasmídeos são abertos, encaixa-se neles o gene a ser enxertado (segundo e terceiro círculos) e são postos em contato com as bactérias, algumas das quais os incorporam (bacterial chromosome, recombinant plasmid). Para selecionar as bactérias que ganharam o plasmídeo novo, basta adicionar o antibiótico. Todas as bactérias sem plasmídeos morrem, por não serem resistentes ao antibiótico, sobrando apenas as que possuem o plasmídeo (ultimo quadrinho). Essas bactérias agora se reproduzem, e todo clone resultante possuirá o plasmídeo com o gene novo.
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